[mod]
Здесь описан механизм восстановления таблиц из .ibd файлов. Насколько я понимаю .frm можно не копировать, и они создатутся сами.
Принцип примерно следующий:
1) Очищаем текущую таблицу запросом.
ALTER TABLE tbl_name DISCARD TABLESPACE;
2) Копируем .ibd файл в соответствующий каталог (с имеем БД ...